(096530) 씨젠 - (5)
096530, 3'- 세그먼트, 3'-target core sequence, 5'- 세그먼트, 5'-end, aerosolized PCR product, Artificial template, Catcher-Tm, Cyclic Catcher Melting Temperature Analysis, cyclic-CMTA, cyclic-CMTA point, Determiner, DPO™, DPO™ primer, Dual Priming Oligonucleotide, extension, genotyping, High multiplex 검사 결과 분석, homogeneous system, Inhibitor, Magicplex™ System, melting peak, MuDT™, PCR setup, Pitcher & Catcher, seeamp, Seegene Launcher, SNP genotyping, SNP 검출, Stabilizer, Tagging portion, target specific primer, TOCE™, 국제표준규격, 동시 다중 검사 결과, 맞품형 인하우스 테스트 셋업, 면역학, 미생물학, 분자 진단 (MDx) 검사, 분자 진단 장비, 샘플 테스트, 세포 유전학 및 병리학, 소프트웨어, 실험실 정보 시스템 (LIS)과 연동, 씨젠, 올인원 플랫폼, 유전변이, 임상 화학, 자동 전기 영동, 장비용 시약, 저해제, 진단 솔루션, 특수 화학, 프로토콜, 혈액학, 형광분자
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동사는 유전자 분석 상품, 유전자 진단 관련 시약 및 기기 개발을 주사업목적으로 2000년에 설립되었으며 2010년 코스닥시장에 상장함.
타깃하는 유전자만 증폭시켜 질병의 다양한 원인을 정확하게 분석할 수 있는 멀티플렉스 유전자 증폭 시약 및 분석 소프트웨어의 원천기술을 보유하고 있으며 Seeplex, AnyplexⅡ, Allplex이 주요 제품임.
연결대상 법인으로 진단시약 및 장비판매업을 영위하는 해외법인 6개사를 보유함.
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핵산 추출, PCR setup 과정을 자동화 혹은 분리하여 사용 가능
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핵산 추출, PCR setup 과정을 one-step 혹은 분리하여 사용 가능
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High multiplex real-time PCR 검사를 위한 우수한 시스템
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CFX96™을 이용한 Real-time PCR 검사 사례
Anyplex™ MTB/NTM Real-time Detection 제품 결과 사례
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심플하고 사용하기 쉬운 멀티플렉스 PCR
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핵산 추출부터 PCR setup까지 쉽고 편리한 장비 구동 소프트웨어
Seegene Launcher는 Seegene의 다양한 분자 진단 (MDx) 검사를 위한 프로토콜을 자동으로 컨트롤하는 구동 프로그램이다. 이 소프트웨어는 핵산 추출에서 PCR setup까지 또는 추출 또는 PCR setup을 선택적으로 수행하는 전체 프로세스를 수행 할 수 있다.
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실험실 정보 시스템 (LIS)과 연동
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다중 MDx 결과를 위한 자동분석 소프트웨어
Seegene Viewer는 씨젠의 동시다중 분자 진단 검사 결고가를 간편하게 확인 할 수 있는 분석 소프트웨어다. 한 채널당 복수의 결과값을 보기 편하게 제공해 줄 뿐만 아니라 실험실 내 LIS와 연동하여 빠른 결과 출력이 가능하다
결과 해석을 위한 단일 소프트웨어
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검사마다 다른 결과 분석기를 사용하지 않고도 다양한 MDx 검사 결과를 하나의 통합된 소프트웨어에서 다각도의 정보를 모두 확인할 수 있습니다.
Real-time PCR을 이용한 High multiplex 검사 결과 분석에 최적화된 소프트웨어
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편리한 판독을 위한 채널별 다중 Ct 값과 Melting curve값의 그래프 UI 제공
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동시 다중 검사 결과를 위한 최적의 판독 가이드 제공
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실험실 정보 시스템 (LIS)과 연동
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원천기술
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MuDT™ 기술은 Real-time PCR 을 기반으로, 하나의 채널에서 여러 타겟을 동시에 정성/정량 검사할 수 있으며 추가적인 융해 곡선 분석법(melting curve analysis) 이 필요 없습니다. 현존하는 Real-time PCR 기술의 한계인 "하나의 채널에서 하나의 Ct 값" 을 넘어서는 MuDT™ 기술은 한 번 검사 시 "하나의 채널에서 다수의 Ct 값 분석" 이 가능하며, 이를 통해 동시다중 정성/정량 결과를 얻을 수 있습니다.
단일 채널에서 다수 타겟의 Ct값 분석을 통한 정성/정량 결과 동시 제공
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복합 감염된 타겟 검사와 단일 감염된 타겟 검사의 동등한 Ct 값 제공
현재 Real-time PCR 기술은 단일감염인지 복합감염인지에 상관없이 한 채널에서 단 하나의 Ct 값을 제공한다. 하지만 MuDT™기술을 이용할 경우, 기존의 단일 타겟을 검사 했을 때의 Ct 값과 동등한 Ct 값이 복합감염된 타겟별로 제공된다.
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단일 채널에서도 가능한 SNP genotyping 검사
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1. 기존 SNP genotyping 검사법은 하나의 SNP를 검사하기 위해 하나의 반응 튜브와 Real-time PCR의 두 채널이 필요하기 때문에 적어도 4종류의 SNP를 검사하기 위해서는 4개의 반응 튜브가 필요하다. 만약 채널 수를 줄이고자 한다면 증폭 후 융해 곡선 분석(melting curve analysis)이 추가로 필요하다. 이렇게 기존 SNP 검사법은 동시다중 타겟 검사에 제한이 있거나, 추가로 융해 곡선 분석 시간이 필요해 검사시간이 길어지는 단점이 있다.
2. MuDT™ 기술 기반의 SNP genotyping 검사법은 하나의 반응 튜브에서 4개의 SNP를 검사할 수 있으며 추가 분석을 하지 않아도 되어 빠른 시간안에 검사가 가능하다.
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TOCE™는 homogeneous system에서 다수의(5개이상의) 목표 유전물질 검출과 유전변이를 확인 가능하게 하는 기술이다. TOCE™는 일반 real-time platform을 이용하여 하나의 튜브에서 동시에 다수의 병원체를 정성검사는 물론 Cyclic Catcher Melting Temperature Analysis (cyclic-CMTA)를 기반으로 한 정량적 분석까지 구현할 수 있는 방법이다.
TOCE™를 이용한 검사는 저렴한 검사 비용으로 질병을 유발하는 병원체에 대한 다양한 정보를 신속하게 제공하여 정확한 진단과 치료가 가능하다. 따라서 TOCE™ 기술을 기반으로 하는 검사법은 "효과적인 환자치료"에 필요한 양질의 풍부한 정보를 제공해 줄 수 있다.
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TOCE™ 기술의 원리
TOCE™기술의 핵심요소는 DPO™ primer와 Pitcher & Catcher 다. DPO™primer는 씨젠의 특허받은 target specific primer 기술로 해당 유전자부위를 매우 특이적으로 증폭 시킨다. Pitcher는 Target 유전자에 특이적으로 중합하는 부위와 Tagging portion을 포함하는 단일가닥 올리고 이며 Catcher는 형광이 붙어있는 Artificial template다.
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형광분자가 붙어있는 Artificial template인 Catcher는 각 Target에 해당하는 형광 signal을 생성한다. Catcher-Tm값은 Catcher의 길이나 염기서열을 변화시켜서 조절할 수 있다. TOCE™반응의 적합화를 위해서 Catcher-Tm값은 Target의 염기 서열과는 관계없이 손쉽게 바꿀 수 있다.
기존 융해곡선 진단 기술은 약간의 유전자의 염기변이로도 융해 온도가 변화되어 정확한 검사 결과가 요구되는 임상 진단 분야에서는 사용이 제한되어 왔다. 하지만 TOCE™ 기술은 염기변이가 있어도 융해온도가 변화하지 않고 일정한 결과 값을 갖게 되므로 다양한 병원체의 동시진단이 가능하다.
cyclic-CMTA를 이용한 정량적 분석
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Real-time PCR 과정 중에 cyclic-CMTA point를 설정하여 감염된 병원체의 감염 유무 뿐 아니라 정량적인 분석 결과를 동시에 확인할 수 있다. 그림처럼 cyclic-CMTA point는 real-time PCR 과정 중에 30, 40, 50 cycle에 설정할 수 있으며, 결과 분석 시 표에서처럼 감염된 병원체의 양에 따른 melting peak의 양상에 따라 정량적인 분석을 확인할 수 있다.
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DPO™ (Dual Priming Oligonucleotide)는 비특이적인 priming으로 인한 extension이 발생하지 않으므로 높은 특이성을 유지할 수 있는 프라이머 (primer)다. DPO™ 기술은 다수 병원체 및 SNP 검출, genotyping과 같은 다양한 분자진단 분야에서 유용하게 사용된다.
DPO™ 프라이머의 구조와 원리
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Step 1: First priming reaction
DPO™의 긴 염기 서열인 5'-end는 'Stabilizer'로서 target sequence에 안정적으로 결합하여 annealing 한다.
Step 2: Second priming reaction
DPO™의 짧은 염기 서열인 3'-end는 'Determiner'로서 target sequence의 나머지 부위에 결합하여 정확한 extension 반응을 유도된다.
증폭 오류를 사전에 방지하여 탁월한 특이도 구현
DPO™ 프라이머는 타겟이 아닌 template에서는 프라이머와의 결합을 원천적으로 막음으로써 위양성 신호를 발생시킬 수 없어 다중 타겟 PCR 검사에서도 탁월한 특이도를 보여준다.
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결과 예시
DPO ™ 와 기존 프라이머의 다중 PCR 결과 비교
DPO ™ 프라이머는 비특이적 인 증폭을 제거하고 원하는 타겟 밴드만을 증폭시켰다. 그러나, 기존 프라이머는 비특이적 증폭을 제거하지 못했다.
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![](https://t1.daumcdn.net/cfile/tistory/99C31F3A5E74D26B2B)
READ 기술
READ (Real Amplicon Detection) 기술은 Real-time PCR에서 이용되는 Probe 방식 (TaqMan, Molecular Beacon 등)이나 primer 방식 (Scorpion, LUX, Sunrise 등)과는 다른 방식의 Real-time PCR 원천기술로서 Amplicon bank 개념을 도입하여 재현율을 크게 높였을 뿐만 아니라 노이즈 시그널을 현저히 줄일 수 있다.
이 기술은 당사의 멀티플렉스 PCR 원천 기술인 DPO™ (Dual Priming Oligonucleotide) 기술과 함께 결합하여 매우 높은 민감도와 특이도를 보여준다.
명확한 판독
Magicplex™ System은 결과의 Ct 값이 10 이하에서 나타나므로 판독이 명확하고, aerosolized PCR product의 오염이 detection 되지 않으므로 위양성 문제에 도움이 된다.
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Real-time PCR 장비 효율 상승
Magicplex™ System은 한 대의 Real-time PCR 장비로 2시간 이내에 서로 다른 4개의 검사를 수행할 수 있다.
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노이즈시그널 현상없음
Real-time PCR에서 흔히 나타나는 노이즈 시그널 (noise signal)은 위양성과 재검의 원인이 되지만, Magicplex™ System에서는 이 현상이 근본적으로 나타나지 않는다.
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PCR 저해 요소 최소화
핵산 추출시 포함될 수 있는 저해제 (inhibitor)는 PCR 반응에서 핵산 증폭을 방해하기 때문에 재검의 원인이 되는 경우가 있으나 Magicplex™ System에서는 저해제가 존재하더라도 Internal Control 및 타겟 유전자가 효과적으로 증폭되어 저해제로 인한 불필요한 재검률을 낮춘다.
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혁신적인 ACP™ 기술
ACP™는 primer 디자인 기술로 specificity를 향상 시켜 정확한 PCR product를 얻을 수 있다. 이와 같은 ACP™의 장점은 regulator 부위를 가지는 ACP™ 구조에 있다. Regulator 부위를 구성하는 inosine은 G, A, T, C에 비해 낮은 Tm 값을 가지는 universal base이므로 특정 온도에서 "bubble like structure"를 형성하여 primer가 template와 비특이적으로 결합되는 것을 차단하고 3'-target core sequence 부위만이 template의 원하는 부위와 결합할 수 있게 하여 PCR의 specificity를 향상 시키는 역할을 한다.
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일반적인 Short/Long 프라이머와 ACP™ 프라이머 간의 비교
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ACP™ 기술은 프라이머의 2 개의 부분(3'- 세그먼트와 5'- 세그먼트)으로 나누어져 template의 서열과 완벽하게 일치 할 때만 결합하여 확장될 수 있는 구조적인 특징을 갖추고 있다.
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