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(228760) 지노믹트리 - (4)

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동사는 2000년 10월 6일에 설립되었으며, 체외진단 시장 내 체외 암 조기진단 사업을 영위하고 있음. 2016년 7월에 코넥스 시장에 상장됨.

새로운 고성능 암 조기진단용 바이오마커 및 암 조기진단 제품 개발을 통한 의료서비스 제공을 주력사업으로 추진하고 있음.

자진단 제품인 EarlyTectTM-GI SDC2를 개발하고, 국내 최초로 한국식품의약품안전처로부터 품목허가를 받았음.

연구개발

Clinical Studies

Clinical Study of EarlyTect® Colon Cancer

연세의료원 세브란스 병원 및 체크업 센터에서 585명을 대상으로 실시한 확증 임상 시험에서 대장암 진단에 대하여

민감도 90.2% (221/245), 특이도 90.2%를 나타냈습니다. 대장암 조기단계인 0-2기 대장암에 대해서는 89.1% (114/128)의 민감도를 보였습니다. EarlyTect Colon Cancer 검사의 민감도는 대장암 병기별, 종양 위치, 성별 및 나이에 유의한 차이를 보이지 않았습니다. 본 임상 결과를 바탕으로 한국식품의약품안전처 3등급 체외진단의료기기 허가(제허18-593호) 승인 및 임상결과는 Clinical Epigenetics (2019, 11:51)지에 출판되었습니다.

대장암 병기별 민감도

Clinical Study of EarlyTect® Bladder Cancer

충남대학교병원, 건양대학교병원 및 대전카톨릭성모병원에서 남녀 혈뇨환자 574명을 대상으로 실시한 탐색 임상 시험에서 방광암 진단에 대하여 민감도 84.0%, 특이도 94.0%를 나타냈습니다. 방광암 조기단계인 pTa기 방광암에 대해서는 74.0%의 민감도를 보였습니다.

Clinical Study of EarlyTect® Lung Cancer

칠곡경북대학교병원에서 522명을 대상으로 실시한 확증 임상 시험에서 폐암 진단에 대하여 민감도 77.8%, 특이도 92.3%를 나타냈습니다. 조기암 (I-II)에 대한 민감도는 62.2%였고, 병기, 흡연력 그리고 연령에 따른 민감도 차이는 없습니다.

Publications

Detection of Colorectal Cancer

Detection of Lung Cancer

Others

Genomic Service

Gene Expression

한 번의 실험으로 수천에서 수만 개의 유전자의 발현을 측정할 수 있는 Microarray 분석기술은 생물학 및 의학분야는 물론 식품, 환경분야 등 모든 생명과학 분야에서 광범위하게 활용되고 있는 연구기법입니다. 이러한 유전자 발현 마이크로어레이 분석의 등장으로 한 세포에서 대용량의 유전체정보를 손쉽게 측정할 수 있음에 따라, 본 기법의 활용가치는 극대화되고 있으며 또한 모든 연구활동의 초기 필수과정으로 자리매김하고 있습니다. 특히 Agilent Technologies 사는 여러 모델생물 연구를 위한 다양한 유전자발현 칩을 제작 및 공급하고 있으며, ㈜지노믹트리는 Agilent’s microarray을 이용한 마이크로어레이 분석 서비스를 실시하고 있습니다.

1. 분석계획 (Experimental design)

연구목적에 적합한 초기 실험계획은 성공적인 마이크로어레이 분석을 위하여 매우 중요합니다. ㈜지노믹트리는 normal vs.abnormal, control vs. treatment, time- 혹은 dose-dependent manner 등의 분석계획에 대한 축적된 연구경험을 연구자에게 지원하고 있습니다.특히 모델생물을 이용한 DNA microarray 분석은 개체변이로 인한 bias를 극복하기 위하여 개체 pooling을 권장하고 있습니다

2. 분석시료 정보

유전자발현 마이크로어레이 분석 서비스에 사용되는 total RNA는 0.2ug이면 가능합니다. 그러나 total RNA의 quality control(QC) 과정은 성공적인 gene expression microarray 실험을 위한 필수사항이므로, 약 1ug의 total RNA가 필요합니다.

  Total RNA 추출: Trizol RNA extraction 방법 및 RNA isolation kit를 이용하여 추출할 수 있습니다. Total RNA 추출을 연구자가 수행하기 어려운 경우는 ㈜지노믹트리 전문연구원이 직접 추출할 수 있으므로, ‘마이크로어레이 분석팀’과 상의하여 주시기 바랍니다.

  RNA 품질평가 결과 : total RNA의 품질평가는 Agilent’s 2100 Bioanalyzer System 및 NanoDrop Spectrophotometer장비를 이용하므로, 정확한 정량 및 정성분석이 가능합니다. 품질평가 (QC) 결과는 Microarray 분석 전 연구자에게 리포트 되며, 그 결과를 상의 후 다음단계를 진행합니다.

3. DNA microarray 정보

㈜지노믹트리는 Agilent 사 DNA microarray의 분석 서비스 공식 provider 입니다. 따라서 Agilent 사에서 제공하고 있는 모든 promoter microarray는 Agilent Microarray Solutions을 이용하여 분석이 진행됩니다. 다양한 promoter microarray의 probes(genes) 정보 및 분석 protocols은 직접 확인할 수 있습니다.

Human, Rat and Mouse

Model Organisms

Custom

4. DNA microarray 분석 과정

5. DNA microarray 분석 결과

1. DNA microarray image

2. Gene list file: raw / normalized file

3. Data analysis

  Scatter / MA plot

  Gene clustering result

  Significant gene list (t-test, ANOVA test)

  Data mining result (GO, pathway)

6. DNA microarray 데이터 분석 website 정보 : DAVID (Gene ontology & Pathway Analysis)

유전체 연구를 위한 통합분석 솔루션 (integrated solutions for the annotation and analysis of genome-scale datasets)인 DAVID는 National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)에서 제공하는 genome browser 연계 web-accessible program 입니다.

7. 분석의뢰절차

분석의뢰서 작성

시료발송: dry ice packaging(IP product or input DNA) 후 택배 발송

Total RNA QC 결과보고: Sample Submission / Order Confirmation Form_1.doc

Gene expression microarray 분석: 시료 QC 통과 후 1-2주 이내 완료

Gene expression microarray 분석 결과보고

결과 토의: 분석결과 설명, 추가분석 지원 및 다음 분석단계 논의

(228760) 지노믹트리 - (3)

228760, Biomarker, CpG 부위, Cytosine, DNA Methylation, DNA 메틸화, DNA 메틸화 바이오마커 고감도 정밀 측정 기술, DNA 염기, earlytect, EarlyTect® 제품, epigenetic alteration, Epimutation, genetic alteration, genomictree, i-MAGIC 시스템, Linear Target Enrichment, Linear Target Enrichment (LTE), Linear Target Enrichment qMSP, Linear Target Enrichment qMSP 기술, LTE-qMSP: Linear Target Enrichment-Quantitative Methylation-Specific Real Time PCR, Methyl-Discovery, Methyl-DNA Capture™, Methylation, Microarray, next generation sequencing, PCR 증폭, Pipeline, Quantitative Methylation-Specific PCR (qMSP), Technology, 간암, 고성능 DNA 메틸화, 메틸기(CH3), 메틸화 바이오마커 고감도 측정 기술, 메틸화 바이오마커 발굴 엔진, 메틸화 현상, 바이오마커, 바이오마커 고감도 정밀 측정 기술, 발굴엔진, 생화학적 변화, 선택적 증폭기술, 신규 DNA 메틸화 바이오마커 후보, 싸이토신, 암 발생 초기, 암 억제유전자, 암 조기진단 바이오마커, 암 조기진단용, 연구개발, 염기서열, 위암, 유전자 발현, 유전자발현, 유전적변이, 전암 단계, 전암단계, 지노믹트리, 파이프라인, 프로모터, 플랫폼 기술, 후성유전적 변이, 후성유전학적 변이

동사는 2000년 10월 6일에 설립되었으며, 체외진단 시장 내 체외 암 조기진단 사업을 영위하고 있음. 2016년 7월에 코넥스 시장에 상장됨.

새로운 고성능 암 조기진단용 바이오마커 및 암 조기진단 제품 개발을 통한 의료서비스 제공을 주력사업으로 추진하고 있음.

자진단 제품인 EarlyTectTM-GI SDC2를 개발하고, 국내 최초로 한국식품의약품안전처로부터 품목허가를 받았음.

연구개발

Science

㈜지노믹트리는

특허기반 독창적 암 조기진단용 신규 고성능 DNA 메틸화(Methylation) 바이오마커

바이오마커를 체액에서 고감도로 측정하기 위한 선택적 증폭기술(LTE-qMSP: Linear Target Enrichment-Quantitative Methylation-Specific Real Time PCR)

잠재력이 높은 신규 DNA 메틸화 바이오마커 후보군을 효과적으로 발굴하기 위한 발굴엔진(Methyl-Discovery)

들을 독자적으로 개발, 보유하고 있으며, 이를 이용하여 혁신적인 다양한 암 조기진단 제품인 EarlyTect® 제품들을 개발하고 있습니다.

DNA Methylation (DNA 메틸화)

DNA에 발생하는 후성유전적 변이(epigenetic alteration)로서 부모로부터 물려받은 염기서열의 변화 없이, 다른 생화학적 변화에 의해 유전자 발현에 영향을 미치는 것을 말합니다. DNA 메틸화는 가장 대표적인 후성유전학적 변이중의 하나로서 DNA 염기 중 특정 CpG 부위에 존재하는 싸이토신(Cytosine)에 메틸기(CH3)가 붙는 현상입니다. DNA 메틸화가 유전자 발현을 조절하는 영역(프로모터)에 일어나면 유전자발현이 억제됩니다. 따라서 암 억제유전자의 프로모터 부위가 메틸화가 되면, 이 유전자의 발현이 차단되어, 암이 발생한다고 과학적으로 잘 알려져 있습니다. 비정상적인 DNA 메틸화 현상(Epimutation)은 유전적변이(genetic alteration)와는 달리, 암 발생 초기나 전암단계의 세포에서도 감지됩니다. 또한 메틸화는 암 특이성이 높고, 단백질이나 RNA에 비해 구조적으로 안정하고, DNA상에 일어나므로 PCR 증폭이 가능한 장점을 가지고 있습니다. 따라서 DNA 메틸화는 최상의 암 조기진단 바이오마커로 인식되고 있습니다.

Biomarker

암 조기진단을 위한 암 바이오마커는 체액 등에서 잘 검출되어야 하며, 정상에서는 나타나지 않는, 암 특이적이면서도 발생 초기부터 암 전단계에 걸쳐 검출되어야 합니다. 또한 체액속에서는 바이오마커가 극미량으로 존재하기 때문에, 최적화된 바이오마커 측정기법으로 측정가능해야 합니다. 당 사가 발굴하여 암 조기진단 제품에 적용된 DNA 메틸화 바이오마커는 이러한 조건들을 만족하는 최상의 바이오 마커들입니다.

비정상적인 DNA 메틸화 현상은 암 발생의 초기뿐 아니라 심지어는 전암 단계에 놓여있는 세포에서도 감지되기도 합니다. 그리고 특정 암을 지닌 암환자 대부분에서 동일한 위치에서 비정상적인 메틸화 현상을 볼 수 있기 때문에 높은 민감도를 지닌 암 조기진단용 바이오마커의 소스로서 최적의 대상으로 여겨지고 있습니다.

Technology

Methyl-Discovery (메틸화 바이오마커 발굴 엔진)

특정한 암을 높은 정확도로 진단할 수 있는 새로운 고성능 DNA 메틸화 바이오 마커 후보군을 발굴 할 수 있는 기술입니다.

이 발굴엔진은 자체 개발한 Methyl-DNA Capture™, i-MAGIC 시스템 및 Microarray 및 Next Generation Sequencing 기술이 접목된 플랫폼 기술이며,

특정 암의 조기진단을 위한 잠재력이 높은 DNA 메틸화 바이오마커후보를 효과적으로 발굴할 수 있습니다.

Linear Target Enrichment (LTE)-Quantitative Methylation-Specific PCR (qMSP) (메틸화 바이오마커 고감도 측정 기술)

암 발생 초기단계에서는, 체액 등에 존재하는 암 세포 유래의 메틸화 DNA 바이오마커는 매우 극미량이며, 대부분 정상 세포 유래 DNA입니다. 성공적인 암 조기진단을 위해서는 극미량으로 존재하는 바이오마커만을 선택적으로 높은 민감도로 정확하게 측정하는 기술이 필요합니다. Linear Target Enrichment qMSP 기술은 이러한 요구를 만족시키는 DNA 메틸화 바이오마커 고감도 정밀 측정 기술 입니다.

Pipeline

지노믹트리는 당사가 보유한 핵심기술을 기반으로 암 조기진단을 위한 새로운 혁신을 이루기 위해 노력하고 있습니다.

세계 최고의 신규 암 바이오마커 발굴 엔진 및 고감도 정밀 측정기술을 적용하여 다른 암들을 조기 진단 하기 위한 제품 개발 파이프라인을 운영하고 있습니다. 이미 방광암, 폐암 조기진단 제품은 암 특이적 DNA 메틸화 바이오마커를 발굴하여 상용화가 진행되고 있습니다. 신규 제품으로 간암과 위암 진단을 위한 파이프라인이 운영되고 있습니다. 또한 새로운 다중 동시 진단 기술을 적용한 암 동반진단 제품도 개발하고 있습니다.

Best in Class 세계 최고의 신규 암 바이오마커 발굴 엔진

바이오마커 고감도 정밀 측정 기술

주요 제품 개발 Timeline