(228760) 지노믹트리 - (4) 연구개발 < Clinical Studies & Publications & Genomic Service >

(228760) 지노믹트리 - (4)

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동사는 2000년 10월 6일에 설립되었으며, 체외진단 시장 내 체외 암 조기진단 사업을 영위하고 있음. 2016년 7월에 코넥스 시장에 상장됨.

새로운 고성능 암 조기진단용 바이오마커 및 암 조기진단 제품 개발을 통한 의료서비스 제공을 주력사업으로 추진하고 있음.

자진단 제품인 EarlyTectTM-GI SDC2를 개발하고, 국내 최초로 한국식품의약품안전처로부터 품목허가를 받았음.

연구개발

Clinical Studies

Clinical Study of EarlyTect® Colon Cancer

연세의료원 세브란스 병원 및 체크업 센터에서 585명을 대상으로 실시한 확증 임상 시험에서 대장암 진단에 대하여

민감도 90.2% (221/245), 특이도 90.2%를 나타냈습니다. 대장암 조기단계인 0-2기 대장암에 대해서는 89.1% (114/128)의 민감도를 보였습니다. EarlyTect Colon Cancer 검사의 민감도는 대장암 병기별, 종양 위치, 성별 및 나이에 유의한 차이를 보이지 않았습니다. 본 임상 결과를 바탕으로 한국식품의약품안전처 3등급 체외진단의료기기 허가(제허18-593호) 승인 및 임상결과는 Clinical Epigenetics (2019, 11:51)지에 출판되었습니다.

대장암 병기별 민감도

Clinical Study of EarlyTect® Bladder Cancer

충남대학교병원, 건양대학교병원 및 대전카톨릭성모병원에서 남녀 혈뇨환자 574명을 대상으로 실시한 탐색 임상 시험에서 방광암 진단에 대하여 민감도 84.0%, 특이도 94.0%를 나타냈습니다. 방광암 조기단계인 pTa기 방광암에 대해서는 74.0%의 민감도를 보였습니다.

Clinical Study of EarlyTect® Lung Cancer

칠곡경북대학교병원에서 522명을 대상으로 실시한 확증 임상 시험에서 폐암 진단에 대하여 민감도 77.8%, 특이도 92.3%를 나타냈습니다. 조기암 (I-II)에 대한 민감도는 62.2%였고, 병기, 흡연력 그리고 연령에 따른 민감도 차이는 없습니다.

Publications

Detection of Colorectal Cancer

Detection of Lung Cancer

Others

Genomic Service

Gene Expression

한 번의 실험으로 수천에서 수만 개의 유전자의 발현을 측정할 수 있는 Microarray 분석기술은 생물학 및 의학분야는 물론 식품, 환경분야 등 모든 생명과학 분야에서 광범위하게 활용되고 있는 연구기법입니다. 이러한 유전자 발현 마이크로어레이 분석의 등장으로 한 세포에서 대용량의 유전체정보를 손쉽게 측정할 수 있음에 따라, 본 기법의 활용가치는 극대화되고 있으며 또한 모든 연구활동의 초기 필수과정으로 자리매김하고 있습니다. 특히 Agilent Technologies 사는 여러 모델생물 연구를 위한 다양한 유전자발현 칩을 제작 및 공급하고 있으며, ㈜지노믹트리는 Agilent’s microarray을 이용한 마이크로어레이 분석 서비스를 실시하고 있습니다.

1. 분석계획 (Experimental design)

연구목적에 적합한 초기 실험계획은 성공적인 마이크로어레이 분석을 위하여 매우 중요합니다. ㈜지노믹트리는 normal vs.abnormal, control vs. treatment, time- 혹은 dose-dependent manner 등의 분석계획에 대한 축적된 연구경험을 연구자에게 지원하고 있습니다.특히 모델생물을 이용한 DNA microarray 분석은 개체변이로 인한 bias를 극복하기 위하여 개체 pooling을 권장하고 있습니다

2. 분석시료 정보

유전자발현 마이크로어레이 분석 서비스에 사용되는 total RNA는 0.2ug이면 가능합니다. 그러나 total RNA의 quality control(QC) 과정은 성공적인 gene expression microarray 실험을 위한 필수사항이므로, 약 1ug의 total RNA가 필요합니다.

  Total RNA 추출: Trizol RNA extraction 방법 및 RNA isolation kit를 이용하여 추출할 수 있습니다. Total RNA 추출을 연구자가 수행하기 어려운 경우는 ㈜지노믹트리 전문연구원이 직접 추출할 수 있으므로, ‘마이크로어레이 분석팀’과 상의하여 주시기 바랍니다.

  RNA 품질평가 결과 : total RNA의 품질평가는 Agilent’s 2100 Bioanalyzer System 및 NanoDrop Spectrophotometer장비를 이용하므로, 정확한 정량 및 정성분석이 가능합니다. 품질평가 (QC) 결과는 Microarray 분석 전 연구자에게 리포트 되며, 그 결과를 상의 후 다음단계를 진행합니다.

3. DNA microarray 정보

㈜지노믹트리는 Agilent 사 DNA microarray의 분석 서비스 공식 provider 입니다. 따라서 Agilent 사에서 제공하고 있는 모든 promoter microarray는 Agilent Microarray Solutions을 이용하여 분석이 진행됩니다. 다양한 promoter microarray의 probes(genes) 정보 및 분석 protocols은 직접 확인할 수 있습니다.

Human, Rat and Mouse

Model Organisms

Custom

4. DNA microarray 분석 과정

5. DNA microarray 분석 결과

1. DNA microarray image

2. Gene list file: raw / normalized file

3. Data analysis

  Scatter / MA plot

  Gene clustering result

  Significant gene list (t-test, ANOVA test)

  Data mining result (GO, pathway)

6. DNA microarray 데이터 분석 website 정보 : DAVID (Gene ontology & Pathway Analysis)

유전체 연구를 위한 통합분석 솔루션 (integrated solutions for the annotation and analysis of genome-scale datasets)인 DAVID는 National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)에서 제공하는 genome browser 연계 web-accessible program 입니다.

7. 분석의뢰절차

분석의뢰서 작성

시료발송: dry ice packaging(IP product or input DNA) 후 택배 발송

Total RNA QC 결과보고: Sample Submission / Order Confirmation Form_1.doc

Gene expression microarray 분석: 시료 QC 통과 후 1-2주 이내 완료

Gene expression microarray 분석 결과보고

결과 토의: 분석결과 설명, 추가분석 지원 및 다음 분석단계 논의